Det är sommar och elvaåriga Katarina smiter iväg och simmar så ofta hon kan. Hon gör det i smyg, för den som flyter på vatten kan råka riktigt illa ut. Från sin badplats kan hon skymta kungens nya skepp som snart ska segla iväg och hjälpa Sverige att vinna kriget.
Katarina lär känna Jakob, en jämnårig pojke från en rik familj. När de två börjar slå vad om att utföra hemliga uppdrag blir det upptakten på ett äventyr som tar dem ombord på Vasaskeppet. Men kan Katarina lita på Jakob? Om någon får veta att hon kan simma kan hon bli anklagad för häxeri. Och varför viskas det om att Vasan inte är tillräckligt stadig? Står allt verkligen rätt till med kungens fina skepp?
Vasas hemlighet är en spännande berättelse om vänskap, mod och hopp.