Det är sent sjuttiotal i Stockholm när Sunniva möter den äldre Jaak och blir förälskad. De blir snart ett par och strax före jul reser de tillsammans till Warszawa. På den långa tågfärden genom snöoväder och mörker samtalar de om sig själva och sin historia. Sunniva får en helt ny inblick i hans värld, och det Estland som han tvingats lämna.
Ett par år senare har Sunniva och Jaak en liten dotter, och Sunniva lyckas övertala Jaak om att de ska åka till Tallinn tillsammans, så hans mor får träffa sitt barnbarn. Hon möter både Jaaks hemland och släkt, och en stark vänskap kommer att växa fram mellan Sunniva och hennes svärmor.
Moderfloden är en fängslande roman om kärlek, mord och flykt i en miljö där desperationen är stark och känslorna överväldigande.